Die Saison 2005/06 war die zweite Spielzeit der Fußball-Regionalliga der Frauen als dritthöchste Spielklasse. 47 Mannschaften spielten in vier Gruppen um den Aufstieg in die 2. Bundesliga bzw. gegen den Abstieg in die Verbands-/Oberliga. Da der Regionalverband Süd keine Regionalliga stellte, wurde ein fünfter Aufsteiger durch eine Aufstiegsrunde zwischen den Oberligen Baden-Württemberg, Hessen und Bayern bestimmt.
Nord
Meister der Nordgruppe wurde die zweite Mannschaft des Hamburger SV. Den Abstiegsplatz belegte der SV Hastenbeck.
Nordost
Meister und Aufsteiger wurde der 1. FC Lokomotive Leipzig, wohingegen die zweite Mannschaft des FF USV Jena und der FSV 02 Schwerin abgestiegen sind.
West
Meister und Aufsteiger wurde der Herforder SV. Die Abstiegsplätze belegten der Garather SV und der FC Oeding.
|- | (N) || Aufsteiger aus den untergeordneten Ligen |}
Südwest
Meister und Aufsteiger wurde die zweite Mannschaft des SC 07 Bad Neuenahr. Die Abstiegsplätze belegten der DJK Niederlosheim, die TuS Fischbacherhütte und die zweite Mannschaft des 1. FC Saarbrücken. Außerdem stieg die zweite Mannschaft der TuS Niederkirchen ab.
